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DeepModeling Hackathon 2.0 : 决赛入围作品展示

DeepModeling 深度势能 2022-09-11


近日,第二届DeepModeling Hackathon初赛拉下帷幕。参赛选手从零开始学习dflow,并在两周时间里使用dflow科学计算工作流套件对传统工作流进行了改装。其中,10位选手脱颖而出,在北京时间8月6日进行了项目报告和答辩。


你可以直接点击下面的视频观看👇
也可以去B站观看,视频链接:https://www.bilibili.com/video/BV1xG4y1Y73E?share_source=copy_web&vd_source=f6856eb86c5b384d64562cf85eaef639


工作流套件开发



拓展dflow工作流:联用Ray Cluster

作者:韩言博

作品简介:
ray能帮助人工智能和科学计算开发者向计算集群部署节点间频繁交互的计算任务。本项目为dflow开发了能执行ray任务的Executor,以衔接本地、云服务的ray cluster。开发的RayClusterExecutor保留ray易于更改现有代码的优点,并和dflow一同检测和打包处理依赖。


AI辅助分子动力学模拟



固液界面建模及分子动力学模拟工作流

作者:柯昌明

作品简介:

建立固液界面模型,包括分子建模,表面模型,以及界面建模。通常其中都穿插着结构优化过程。实现固液界面模拟需要反复在建模和计算之间来回切换。我们通过dflow实现了全自动的建模和计算过程,使得高通量固液界面设计成为可能。



Using dflow and AI-assisted molecular dynamics to find the ground state structure

作者:区展鹏

作品简介:

随着AI for Science浪潮的俞卷俞烈,由AI助力的分子动力学模拟(AI-assisted molecular dynamics simulation)在凝聚态、材料、生物等领域都取得了不少的突破与进展,但如何利用其加速材料结构预测过程(Structure prediction)一直是人们所关心的问题,常规的数据库构建方法难以保证结构预测的精度,本次汇报介绍如何利用dflow搭建基于遗传算法的同步学习工作流,并利用其帮助我们搜索材料的基态结构。



Electron scattering simulation with realistic phonons

作者: 张泽中

作品简介:

扫描透射电子显微镜 (STEM) 广泛用于表征原子尺度上的晶体结构、化学成分和电子结构。为了量化观察到的信号,我们使用多层切片算法运行详细的电子散射模拟——将材料视为切片(即原子面)的集合,电子波函数在这些切片上散射并在切片之间自由传播。在不同的贡献中,声子散射在高角度观察到的衍射占主导地位。与原子的振动周期 (0.01 - 1 ps) 相比,入射电子的传播速度更快,因此原子可以被视为冻结的快照。传统的冻结声子计算使用不关联的爱因斯坦模型和从大量实验测量或模拟中提取的 Debye-Waller 因子。但对于材料科学普遍感兴趣的纳米颗粒表面,异相界面, 晶体缺陷处的原子, 这种声子模型将不再适用。此外,声子相关性和各向异性的细节将影响成像、衍射和光谱学的精细结构,很大程度上是迄今为止尚未探索的。为了解决电子声子衍射挑战,我们在这里开发了一个工作流, 使用从深势分子动力学生成的真实声子进行电子散射模拟。对于分子动力学,我们设计了一种加热策略达到目标热平衡。对于散射模拟,我们计算每个原子构型所产生的衍射,然后区分相位相干和非相干的贡献。在测试了块状晶体后,我们将探索传统散射模拟难以解决的表面、界面和晶体缺陷。



AI辅助电子结构计算



dflow+电子结构计算:过程与终点的思考

作者:单一凡

作品简介:

使用dflow工作流套件完成了DeePKS+ABACUS计算的一键提交,简化了繁杂的软件安装流程,并实现了自动判断迭代终点的功能。



利用dflow实现材料电导率计算的工作流

作者:郁鹏飞

作品简介:

基于VASP-wannier-Kube方法计算材料的电导率需要进行5步计算,分别为:分子动力学模拟、自洽计算、VASP+wannier90计算、wannier轨道拟合、Kubo计算。最近,我们使用dflow搭建了用于材料的电导率计算的工作流实现了上述过程的自动运行与结果输出。



AutoRefiner:使用dflow衔接多种科学计算软件并完成高通量分子筛选的自动化

作者:刘明康

作品简介:

面对大规模的潜在构型空间,科学计算工作者通常会设计一套具有精度梯度的计算方法组合。这其中往 往会涉及到多种科学计算软件,而各软件间需要繁重的人工干预才能进行有效耦合。本项目通过设立公 共层来耦合不同软件,并利用dflow在构象搜索和异构体筛选两个高通量科学计算领域搭建了自动化工作流。



燃烧反应流体计算平台



DeepFlamedflow:燃烧反应流体计算工作流

作者:王栋

作品简介:

基于dflow和DeepFlame套件,建立了用于燃烧反应流体计算的工作流DeepFlamedflow。该工作流实现的功能是:根据输入的参数列表,自动完成若干喷雾燃烧算例(aachenBomb)在DeepFlame中的计算。



DeepModeling Hackathon 2.0 决赛已经开启,入围决赛的选手将会用dflow实现更加复杂的工作流。决赛答辩将会在北京时间8月27日上午进行,敬请期待!



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